בתשובה ליהונתן קורא, 17/05/10 0:17
 |
|
 |
||
|
||||
 |
התרגום נכון. חשוב להדגיש כאן שני דברים: 1. "חיות משק": במקרה זה הרשימה הרלוונטית כוללת עופות 1. 2. חלק נכבד מהגזעים ברשימה נעלם עקב "התבוללות". הכפר הגלובלי לא פוסח על ארנבים. 1 המינוח livestock מעורפל, ועשוי לכלול עופות, כלבי רועים ואף דגי מאכל לפי מצב רוחו של הכותב. |
 |
 |
 |
|
|
|
||
|
||||
|
נראה לי שהסיבה העיקרית אינה התבוללות אלא העובדה שהזנים הנפוצים ניחנו בתכונות שמתאימות לדרישות השוק (למשל עולים במשקל יותר מהר, יחס שומן/בשר מסוים או אחוז שומן מסוים בחלב וכן הלאה) והגידול שלהם כדאי יותר ולכן חקלאים זונחים את הזנים המסורתיים שלהם ומגדלים את הזנים הנפוצים במקומם. אגב, זו תופעה נפוצה בצמחי מאכל אולי יותר אפילו מאשר בחיות משק. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אני מנצל את ההזדמנות להעלות משהו שמציק לי זמן מה ומשום מה אני לא מוצא את התשובה בחיפוש (שטחי. כזה אני) אצל הדוד. בתהליך התעתוק (מה שקרוי "שעתוק" במקומות אחדים - יצירת ה-rna מה-dna), איך נקבע איזה מהסלילים עובר את ההעתקה והופך למה שנקרא "template strand"? מאחר והקוד הגנטי אינו אדיש לפעולת המשלים (a <--> c, t <--> g , כלומר השלישיה aaa , למשל, אינה מתאימה לאותה חומצת אמינו של ccc) הבחירה של הסלילים חשובה ביותר, וטעות אחת קטנה בעניין הזה הופכת את התוצר לג'יבריש מוחלט. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
שוחחתי עם פרופסור לביולוגיה מולקולרית, ומה שהבנתי ממנו זה שיש אתרים על כל גדיל שמהם השיעתוק מתחיל, ושבהחלט ייתכן שגדילים שונים מהווים את הטמפלט למקטעי RNA שונים. כלומר, אין *טמפלט* מוגדר, אלא לכל אזור ב DNA ייתכן טמפלט אחר. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
תודה. אם הבנתי נכון את ההסבר, נובע ממנו שצריך להיות איזה סמן על הגדיל שאומר "מכאן ואילך לא לתעתק" ובמקביל על הגדיל השני סמן שאומר "החל לתעתק כאן". מעניין שכל המקורות הפופולריים בהם נתקלתי1 עוברים בשתיקה על העניין הזה. ליתר דיוק, הם מטעים (ראה לדוגמא "Although DNA is arranged as two antiparallel strands in a double helix, only one of the two DNA strands, called the template strand, is used for transcription." כולל איור, מויקיפדיה האנגלית). שיימוס, אל תראה בדושיח הזה פטור מהתשובה המובטחת שלך. _____________ 1- אלא אם כן האשם הוא בזכרוני |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
כמו בשולית הקוסם, שכחתי לשאול אותו איך עוצרים את זה ולא נעים לי להטריד אותו פעמיים באותו היום. בכל אופן, חפש promoter. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
ראשית, התשובה שמר כ ענה נכונה. שנית, דילגת על הערך Genetic Code. דגחךלדחכךףלדחסססססססככההיהנראהמשפטכתובבקודגנטיאילוליהיומיליםשמורותלהתחלתקריאהוסיומהדברשהיהמקשהעלהRNAPלבצעאתמלאכתוהחשובהססססססססססףדגכחדגךכחדגךףכ כמו כן יש להזהר במינוחים - template strand מתאר לפעמים את גדיל ה mRNA עצמו ולפעמים את המשלים שלו. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
כן, האתר עליו מתישב הRNA פולימרז המשעתק, נמצא על אחד הגדילים ומצביע בכיוון מסוים והפולימרז עצמו יכול להתקדם רק בכיוון אחד (3' ל5' על גדיל התבנית) | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
וכן, אין מניעה שגן אחר יקודד לכיוון ההפוך, בגדיל השני באותו האיזור. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
לא חושב שהבנתי את שאלתך. בשעתוק סטנדרטי נוצרים שני סלילים כפולים זהים - אחד מכל גדיל של סליל המקור. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
טוב, תשובה למה שבאמת שאלת תגיע בהמשך היום. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
חלק ממה שאני כותב כאן כבר נכתב בתגובות. ישנם רצפים מיוחדים (אבל לא מאוד שמורים אבולוציונית, כלומר יש בהם די הרבה שונות) שמזוהים ע"י פקטורים שמגייסים את הפולימראז. בינהם אפשר למנות את ה http://en.wikipedia.org/wiki/TATA_box גם גיוס הפולימראז נעשה בפרומוטור, שאינו סימטרי. יתרה מזאת, ישנם אזורים במעלה גנים (נקראים מגבירים) שקושרים פולימראזות ושאר פקטורים, ומשחררים אותם לנוע על הגדיל בלי לשעתק אותו, עד למקום בו יקשרו חלבונים נוספים והשיעתוק יתחיל, או לחלופין יצרו לולאות דנ"א שיחברו את החלבונים משני האתרים וכך יתחיל השיעתוק (מהפרומוטור, לא מהמגבר). אם להמשיך לסבך, חלק ממיקום הנוקלאוזומים נקבע ע"י הרצף, וגם לזה יש תפקיד בנקודת תחילת השיעתוק (שכאמור היא שונה עבור כל תבנית). אבל כל זה לא ממש נכון. מחקרים הראו שרוב הגנום עובר שיעתוק ברמה כזו או אחרת, לרבות שיעתוק (לא בהכרח באותה כמות) של הגדיל הנגדי. יתכן ולשיעתוק הזה לפעמים יש חשיבות בבקרת כמות הרנ"א. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
ע"פ הידוע לי עד הלום - כשמבררים אילו חלקים מהDNA מתבטאים בשיעתוק (ברקמת גוף כלשהי למשל), כלומר מה גן ומה לא, משתמשים (בעיקר) ב RNA PCR, תהליך שהרזולוציה שלו מגיעה לזיהוי מולקולת RNA בודדת. כלל מולקולות RNA המזוהות מצביעות (שוב-ככל הידוע לי) על חלק לא גדול במיוחד מהקוד הכללי כנתון לשיעתוק. המשפט האחרון בתגובה שלך הוא חידוש מבחינתי. (דוקא מסתדר טוב עם הרושם הכללי שלי מהמערכת - שהאבולוציה של אוקריוטים רבי-כרומוזומים מושפעת פחות מאיך ישתנו הגנים ויותר מאיזה גנים יתבטאו פחות ואילו גנים ישנים יתבטאו מחדש - דרך אפיגנטיקה של הRNA) |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
מה שבד"כ עושים היום זה להפיק רנ"א, להפוך אותו לדנ"א (כי זו מולקולה יציבה בהרבה) ומשם או לעשות היברידיזציה לצ'יפים (microarrays) או לרצף (שזו שיטה גם כמותית כיום). כשעובדים על הפקה של כל הרנ"א, או אפילו כל הmRNA, לא מגיעים למולקולה בודדת, אבל די קרוב. אפשר להתקרב עוד יותר ע"י real-time PCR, אבל אז זה לכמה עשרות גנים לכל היותר (במעבדה סבירה). לגבי הנפיצות של השיעתוק, אתה יכול לעיין כאן: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15539566 כשכל מחקר מוצא יותר מקודמיו (בשמרים כבר הגיעו כמדומני לתשעים ומשהו אחוז מהגנום שמפיק רנ"א בסיטואציה כל שהיא) וממשיך לשימור אבולוציוני ופונקציה.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16141072 "Genomic mapping of the transcriptome reveals transcriptional forests, with overlapping transcription on both strands, separated by deserts in which few transcripts are observed." http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19182780 "There is growing recognition that mammalian cells produce many thousands of large intergenic transcripts." |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
קודם כל תודה על התקצירים אהבתי את- " [הרבה מרצפים שנחשבו ל"זבל" ונתגלו כמתורגמים באופן חלש] are located in intergenic regions distal from previously annotated genes and exhibit significant homology to other mammalian proteins." . עכשיו, אני משער (באופן רופף לגמרי) כי קיום ההתבתאות העדינה הזו של גנים נשכחים, ברקמת הכבד לדוגמא, מתאפשר [גם] ע"י הבדלים קלים במנגנון ההשתקה-חשיפה האופיני לרקמה, בין תא לתא בתוך הרקמה. אם כך הוא- היתי מצפה, במצבי עקה, למשל התפתחות עוברית בנוכחות רעלן כלשהו, לסיכוי מסוים לברירה טבעית בזמן התמינות תאי הכבד, בינם לבין עצמם. יותר מזה - היתי מצפה לסיכויון של ברירה טבעית פנימית, במהלך הספרמטוגנזה, עם כל התנאים-המושלמים המופרכים שהחברה הקטנים דורשים. קרא לי למארק. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
נא התעלם מהתגובה האחרונה. אני כותב שטויות בדרך כלל, אבל זה כבר מוגזם. היה מאוחר ולא היו לא קפה ולא תה. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אני דוקא מצאתי אותה מעניינת. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אם הבנתי נכון, אתם אומרים כך: רצף ה TATA קובע את המיקום אליו יסתפח ה RNAP (לא משנים כרגע הפרטים עם כל התוספים והעזרים), את כיוון ההתקדמות של הנ"ל במעלה - או במורד - הסליל, וגם את הגדיל שישמש כ template, נניח לרגע שהוא זה עליו יושב ה TATA ולא ה ATAT: -- TATA --------------------------- גדיל 1 (template)------ . RNAP----> כיוון ההתקדמות -- ATAT---------------------------- גדיל 2 --------- הבעיה שאני נשאר איתה היא שבה בעת גדיל 2 הוא template פוטנציאלי להתקדמות בכיוון ההפוך, וה RNAP צריך איכשהו ל"החליט" איזה קטע צריך לתעתק: את העליון ע"י התקדמות שמאלה או את התחתון (החלק מימין למה שרואים בשרטוט) ע"י התקדמות ימינה. איך נשברת הסימטריה? |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
הרצף של TATA הוא (בערך, חמש לשלוש) TATAAA, כך שעל הגדיל השני יהיה הרצף TTTATA. אני לא יודע אם זה משמעותי לרצף הספציפי הזה, אבל רצפי פרומוטורים הם לא סימטריים בכלליות ולזה יכול לקבוע את כיווניות החלבון הנקשר. חוץ מזה, אם חלבון א מתיישב בנקודה 1, וחלבון ב בנקודה שתים (עם או בלי סימטריה), הקביעה ששיעתוק יתרחש בכיוון של א' ל ב' מספיק כדי לקבוע שיעתוק של 1->2 (יכול להיות שזה המצב עבור TFIIB/D). חוץ מזה, יש שיעתוק לכיוון ההפוך מפרומוטור, אבל זה לא של משלים הגן אלא של אזור אחר (בגלל היפוך הכיוון), שסביר להניח שיעבור NMD. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
הה, תודה. אם כך הבעיה היתה ההנחה שלי ש TATA הוא פשוט TATA. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אם יורשה לנצל את ההזדמנות הזו לחטוף את הדיון ולשאול: האם יש עוד מתכנתים בקהל כשהם קוראים או שומעים על הקוד הגנטי מתקבל אצלהם הרושם שאנחנו מנסים לעשות reverse enginerring לקוד מקומפל? ואם כן, זאת לא צריכה להיות אחריות מינימלית מצד אלוהים, כשהוא נוטש את הפרוייקט להעביר הלאה את קוד המקור? ________ הלא חרדי, ברגע פלספני במיוחד על משמעות היקום, החיים, וכל השאר. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
את קוד המקור יש לנו (פלוס כמה גרסאות קודמות), אבל התיעוד מזעזע. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
מה שיש לנו זו שפת מכונה. זה לא אומר שאי־אפשר להסתדר עם שפת מכונה. אנשים מסתדרים איתה לא רע: |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
"מה שיש לנו זו שפת מכונה." והמחשבה הזאת לא גורמת לך לתהות אם יש קוד מקור או לא? :-) |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
קוד המקור נרשם בטפסים יעודיים בצבע ירוק ונשמר בארון מתכת. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
העלית חיוך נוסטלגי על פני ביום העגום הזה. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
שפת מכונה אלו רצפי חומצות האמינו של החלבונים (דווקא מזה אני לא בטוח שיש הכל). העובדה שהמתכנת בחר לעבוד באסמבלי, להכניס חלק מהקוד בתור ההערות, שבעצמן אינן קריאות, להעתיק חלקים נרחבים מאות אלפי פעמים אבל להשתמש באותו בלוק קוד לעשרות שימושים שונים, זה כבר סיפור אחר. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
נראה לי שזה הקומפיילר, לא המתכנת. עוד אחת מהאופטימיזציות האלה. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
החלבונים הם החומרה. התוכנה היא ה DNA. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
המבנה השלישוני הוא החומרה (ומזה אנחנו יודעים רק קצהו של קרחון). נסתפק בהסכמה שלכל היותר מדובר בפרוייקט ראשוני של סטודנט בינוני במכללה עלומה ? |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
השאלה היא אם אתה מסתכל רק על ה DNA או על התא כולו, אבל בכל מקרה החלבונים אינם חלק מהתוכנה. מדובר בקוד שלא נכתב בהתאם לסטנדרטים המקובלים היום, אבל לפני שלושה וחצי מליארד שנה הוא היה חזית הקידמה, ובדומה לתוכנה של טל הוא עומד במבחן החשוב באמת: הוא עושה את העבודה. הייתי מאד שמח אם בימי יהיה מי שיצליח לכתוב קוד קריא יותר, קל יותר לתחזוקה ויעיל יותר שמבצע אותן פונקציות. אם לשפוט על פי מה שכנראה הולך ומתגלה שם, הקוד הקיים מתוחכם מאד אם כי סובל מצורת ההתפתחות הלא סטנדרטית שלו (בין השאר: תמיכה מושלמת בהתאמה לאחור של כל פוננקציונליות חדשה. נראה איך ייראה הקוד הכי מתקדם שלך אחרי עדכונים וטלאים במשך שלושה וחצי מיליארד שנה, בהנחה שבכלל ישרוד את באג 10000). |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
העובדה שהוא עושה את העבודה היא הוכחה לכוחו של stress testing. (המונח העברי, "בדיקות עומס", לא עושה את העבודה.) |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
למה החלטת שהמתכנת בחר לעבוד בשפת אסמבלי? לי נראה בלתי אפשרי בעליל לכתוב תוכנה שבנויה משלוש מיליון הוראות בשפת אסמבלי. אלא אם כן אתה אלוהים. אבל אני לא מאמין באלוהים, ולכן המסקנה שלי היא שאנחנו מתבוננים בקוד מקומפל. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
נדיר שהראלים מגיבים כאן, אבל טוב שהצטרפתם. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
"You can learn a lot about an individual just by reading through his code, even in hexadecimal" חזק.
LOL |
|
|
|
| חזרה לעמוד הראשי | המאמר המלא |
| מערכת האייל הקורא אינה אחראית לתוכן תגובות שנכתבו בידי קוראים | |
 RSS מאמרים |
כתבו למערכת |
אודות האתר |
טרם התעדכנת |
ארכיון |
חיפוש |
עזרה |
תנאי שימוש
|
© כל הזכויות שמורות |