בתשובה להאלמוני המזוהה, 17/05/10 21:28
אוף טופיק 543314
ע"פ הידוע לי עד הלום - כשמבררים אילו חלקים מהDNA מתבטאים בשיעתוק (ברקמת גוף כלשהי למשל), כלומר מה גן ומה לא, משתמשים (בעיקר) ב RNA PCR, תהליך שהרזולוציה שלו מגיעה לזיהוי מולקולת RNA בודדת.
כלל מולקולות RNA המזוהות מצביעות (שוב-ככל הידוע לי) על חלק לא גדול במיוחד מהקוד הכללי כנתון לשיעתוק.
המשפט האחרון בתגובה שלך הוא חידוש מבחינתי. (דוקא מסתדר טוב עם הרושם הכללי שלי מהמערכת - שהאבולוציה של אוקריוטים רבי-כרומוזומים מושפעת פחות מאיך ישתנו הגנים ויותר מאיזה גנים יתבטאו פחות ואילו גנים ישנים יתבטאו מחדש - דרך אפיגנטיקה של הRNA)
אוף טופיק 543319
מה שבד"כ עושים היום זה להפיק רנ"א, להפוך אותו לדנ"א (כי זו מולקולה יציבה בהרבה) ומשם או לעשות היברידיזציה לצ'יפים (microarrays) או לרצף (שזו שיטה גם כמותית כיום). כשעובדים על הפקה של כל הרנ"א, או אפילו כל הmRNA, לא מגיעים למולקולה בודדת, אבל די קרוב. אפשר להתקרב עוד יותר ע"י real-time PCR, אבל אז זה לכמה עשרות גנים לכל היותר (במעבדה סבירה).

לגבי הנפיצות של השיעתוק, אתה יכול לעיין כאן:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15539566
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16141072
"Genomic mapping of the transcriptome reveals transcriptional forests, with overlapping transcription on both strands, separated by deserts in which few transcripts are observed."
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19182780
"There is growing recognition that mammalian cells produce many thousands of large intergenic transcripts."

כשכל מחקר מוצא יותר מקודמיו (בשמרים כבר הגיעו כמדומני לתשעים ומשהו אחוז מהגנום שמפיק רנ"א בסיטואציה כל שהיא) וממשיך לשימור אבולוציוני ופונקציה.
אוף טופיק 543470
קודם כל תודה על התקצירים
אהבתי את-
" [הרבה מרצפים שנחשבו ל"זבל" ונתגלו כמתורגמים באופן חלש] are located in intergenic regions distal from previously annotated genes and exhibit significant homology to other mammalian proteins." .

עכשיו, אני משער (באופן רופף לגמרי) כי קיום ההתבתאות העדינה הזו של גנים נשכחים, ברקמת הכבד לדוגמא, מתאפשר [גם] ע"י הבדלים קלים במנגנון ההשתקה-חשיפה האופיני לרקמה, בין תא לתא בתוך הרקמה.

אם כך הוא-
היתי מצפה, במצבי עקה, למשל התפתחות עוברית בנוכחות רעלן כלשהו, לסיכוי מסוים לברירה טבעית בזמן התמינות תאי הכבד, בינם לבין עצמם.

יותר מזה - היתי מצפה לסיכויון של ברירה טבעית פנימית, במהלך הספרמטוגנזה, עם כל התנאים-המושלמים המופרכים שהחברה הקטנים דורשים. קרא לי למארק.
אוף טופיק 543489
נא התעלם מהתגובה האחרונה. אני כותב שטויות בדרך כלל, אבל זה כבר מוגזם. היה מאוחר ולא היו לא קפה ולא תה.
אוף טופיק 543516
אני דוקא מצאתי אותה מעניינת.

חזרה לעמוד הראשי המאמר המלא

מערכת האייל הקורא אינה אחראית לתוכן תגובות שנכתבו בידי קוראים