בתשובה לשוטה הכפר הגלובלי, 16/07/02 8:42
 |
|
 |
||
|
||||
 |
בחייאט?! (גם על הוירוס וגם על דליה שפיציק) הלינק לא עובד. |
 |
 |
 |
|
|
|
||
|
||||
|
אולי השרת היה מושבת כשניסית. הנה עוד לינקים: http://www.newsday.com/news/printedition/ny-hsvir122... ובטח הכי טוב באתר של המגזין Nature (לא יודע כתובת) שם פורסמה הכתבה. על דליה איציק אתה יכול לקרוא ממש כאן, באתר המצוין הזה1 במדור החדשות. ------------------------- 1 נסיון פאתטי להפיס את דעתו של דובי. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
תודה ! קראתי ברגשות מעורבים: מאד מעניין, וגם מטריד. חיפשתי הסבר מעט יותר טכני למה המדענים בעצם עשו, והנה מה שמצאתי : (מתוך http://www.sciencenews.org/20020713/fob8.asp) הגנום של וירוס הפוליו נשלף כמידע (טקסטואלי) מן האינטרנט (פעולה שגרתית בחייו של ביואינפורמטיקאי), והופק באופן כימי טהור ע"י חברה מסחרית כרצף DNA. מכיוון שפוליו הוא וירוס עם גנום RNA ולא DNA, השתמשו באנזים (כנראה RNA polimerase) להפוך את הרצף המיוצר למתכונת RNA (הדומה מאד). ה-RNA הוכנס למבחנה בה מצויים חומרים דומים לאלו שבתוך תאים (כנראה ציטופלזמה שהופקה מתאים מפונצ'רים). הגנום המלאכותי יצר בסביבה זו את המבנה החלבוני המאפיין את הוירוס והתעטף בו. כדי לוודא שאכן נוצר וירוס פעיל באמצעים סינתטיים לחלוטין, מיצו החוקרים את הוירוסים החדשים מן המבחנות והזריקו לעכברים, אשר לקו בשיתוק ומתו, כמו בתגובה לוירוס הרגיל. יש לכך השלכות מפחידות למדי, והמילה Bioterrorism החדשה (ובשאיפה, לעולם לא אקטואלית) עלתה פעמים רבות. נובע ממחקר זה כי ניתן להקים לתחייה וירוס באמצעים כימיים, וזאת, גם לשימושים מזיקים כמו נשק ביולוגי. פוליו הוא מהוירוסים הפשוטים שקיימים, וספק אם יצלח בקרוב ניסוי דומה עם וירוס האבעבועות השחורות (מן המורכבים הקיימים), אבל זה כבר לא מכשול בלתי עביר, רק עניין של זמן. רק להזכיר, וירוס האבעבועות אחראי ל"מגיפה השחורה" שכילתה בעבר שליש מאוכלוסיית אירופה. לכן, גם אם נביא להכחדתו של וירוס כלשהו, כמו במקרה של האבעבועות השחורות, הוא עשוי לחזור לתקוף אותנו עקב בריאתו המחודשת ע"י מדען-פושע (נגד האנושות). במצב כזה, יש להחזיק בעתודות נוגדנים גם עבור סכנות שכביכול נעלמו מהעולם. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
מעניין. האם לא ניתן להמציא בתגובה וירוס מגן? שבמקום שיתקוף את האדם יתקוף את הווירוסים הנימצאים בגופו? ואו יגן עליו מכאילו עוד לפני שנכנסו לגופו. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
כדי לייצר את וירוס האבעבועות השחורות, יש צורך במידע על הדנ"א שלו. האם גם זה שמור על הרשת ונגיש לכל? האם יש וירוסים כאלה חיים כיום? |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
רשמית, ישנם וירוסים כאלה במעבדה אחת בארה''ב ואחת ברוסיה. אין בטחון מוחלט שמדינות נוספות לא הצליחו לשים ידן על הוירוס, וזאת היתה הסיבה לכך שהוחלט לא להשמיד את אלה הידועים. התוכנית היתה להשמידם, ולהכריז על הוירוס הזה כוירוס הראשון שהוכחד לחלוטין בידי האדם. אני כמעט בטוח שקידוד הדנ''א אינו נמצא ברשת, אבל לא נורא יפתיע אותי לשמוע שהאמריקאים שלחו אותו באימייל למישהו בבגדד, בשם חופש המחקר. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
כאמור, כל רעיון ההכחדה כבר פחות משמעותי אחרי ההישג המדעי שהושג על וירוס הפוליו. וירוס האבעבועות השחורות הוא *באמת* קולוסוס ויראלי, גדול ומסובך בהרבה מהוירוס הממוצע. אם הייתי רוצה ליצור וירוס מזיק, הייתי מתחיל באפיקים פשוטים יותר. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
חיפשתי ב-GenBank (שם מפקידים מידע גנטי) ואבעבועות שחורות (SmallPox) לא מצאתי. כן מצאתי כל מיני אבעבועות מעניינות אחרות: CamelPox,MonkeyPox וכמובן CowPox (שעליו התבסס ג'אנר ביצירת החיסון הראשון בעולם). השם vaccin, אגב, מקורו במילה הלטיני Vaca שמשמעותה "פרה" (על שם אותו CowPox). נראה לי כמות המצבורים הלא רשמיים של הוירוס הזה ברחבי העולם, עולים על מספר המצבורים הרשמיים. מתי נלמד...? |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אותי זה יותר מעניין מאשר מטריד. ארבע הערות: 1. משום מה הוירוס שנוצר הרבה פחות אלים מוירוס פוליו רגיל (כנראה שתהליך הייצור אינו מושלם), מה שמעלה את האפשרות להשתמש בו דוקא לחיסון מפני פוליו. 2. לפחות לשיטתם של אלה שכוללים וירוסים במה שנקרא "חיים" ההישג הזה הוא הישג כביר, סוף סוף הצליחו לייצר חיים במעבדה, מה שנחשב הרבה שנים לגיזת הזהב של הביולוגיה המולקולרית. האם הציטופלסמה מכילה איזשהם רכיבים שאינם ניתנים לסינתזה (מה שיפגע קצת בטענה על יצירת חיים)? 3. נראה לי שהרבה יותר קל להשתמש בוירוס קיים מאשר לסנתז אחד חדש לשימושים טרוריסטים. 4. תזכורת: להפגש קבענו, בעוד עשרים שנה נשווה מה שנבאנו על בן המבחנה. (אם לא נמות עד אז, מוירוס מסונתז) |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אם הפוליו לא מספיק לך, הרי החדשות על האבולה: (אבל גם הם טוענים שיותר קל להחדיר גן קטלני לחיידק/וירוס קיים מאשר להתעסק עם סינתוז וירוסים). |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
1. נכון, הוירוס שנוצר הוא פחות אלים, אך אין בכך תעלומה. החוקרים הכניסו שינויים קלים מכוונים בקוד הגנטי שלו על מנת שיוכלים להיות משוכנעים כי יציר כפיהם הוא שגרם למות חיות המעבדה. הם ציפו ששינויים אלו יהיו זניחים ולא יפגעו באפקטיביות הוירוס. ההפתעה היתה מיכולת להחליש את הוירוס באמצעים כה קלים, אך סיבת ההחלשה ברורה. 2. את דעתי על חיים אתה בודאי כבר מכיר. לגבי תכולת הציטופלסמה, זה תלוי איך מפיקים אותה ומה מסננים החוצה. אני מתכוון לקרוא קצת יותר על הניסוי הזה, ואז מקווה שיהיו לי גם תשובות יותר טובות. 3.קודם תשיג אחד, וגם תדאג שאחסנה ראויה, שלא ימות. 4. זה אתה! איש הנאנו.. היתה לנו התערבות. ? want to make it interesting הסתייגות מדבריי הקודמים: עלה בדעתי שאולי הלחץ הציבורי (ושלי) מהניסוי אינם לגמרי במקומם. הרי על וירוסים רבים (אני חושב שגם הפוליו) ידוע שיש חומצת גרעין אינפקטיבית, כלומר בעברית, שמספיק רק ה-DNA או ה-RNA כדי לגרום לתא לחלות (בניגוד לוירוסים שנזקקים גם לחלבונים ויראליים שהביאו מבעוד מועד). בהנתן זה, כל מה שצריך כדי לגרום לנזק הוא הגנום הויראלי, ומה זה בעצם משנה אם מקורו במחשב או מוירוס קיים? |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
ואם תציץ בלינק שהבאתי בהודעתי שכותרתה "פחד" תראה שגם עניין החלבונים נפתר כבר. התערבנו? בשמחה. ארוחה במסעדה הכי יקרה שתגיש בשר שיוצר במעבדה. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
תציץ כאן: http://www.newscientist.com/news/news.jsp?id=ns99993... | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
טוב, אז אם להיסחף קצת: רעב עולמי, וצמחונות (על רקע מוסרי) - OUT קניבליזם ואוכל מגעיל סטייל מאטריקס - IN. ואני תוהה אם נגיע למצב דומה לזה שבבלייד ראנר, בו ינשוף אמיתי עולה הרבה יותר מינשוף-סייבורג: האם מק-דונלד'ס מבשר פרה אמיתית יהפוך למעדן לעשירון העליון בלבד? |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
כמה שאלות: 1. מהו האורך (בחומצות גרעין) של הגנום של וירוס הפוליו? 2. ושל הוירוס הקצר ביותר המוכר לנו? 3. מה הסיכויים של DNA אקראי 1 להיות וירוס 2 ? 4. עד כמה יציב וירוס כגון הפוליו (דהיינו, כמה שינויים מקריים צריך לעשות כדי שהוא יפסיק להיות וירוס)? 1 מגרילים באופן בלתי תלוי חומצות גרעין3, ומחברים 2 דהיינו ללקט סביבו מעטפת חלבונית 3 את האורך אפשר לקחת מאחת משתי השאלות הראשונות |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
תשובות בערבון מוגבל: 1. 7741 קשרי בסיס 2. 2700 " " (3200 אם אתה סופר רק וירוסי דנ"א) 3. זעירים והערה קטנה: הוירוס של פוליו לא מורכב מדנ"א אלא רנ"א. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
תודה! אני סקרן לדעת אם אפשר להחליט האם וירוס "יפעל" רק בהנתן רצף הגרעין שלו. לכאורה זה צריך להיות אפשרי, ואז ניתן יהיה להמציא וירוסים חדשים. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
הניחוש שלי הוא שאנחנו1 עדיין רחוקים משם, אבל מתקדמים. תחום קרוב לזה הוא הנסיונות לנבא את המבנה המרחבי והתכונות של חלבונים וירטואלים, ותעשיית התרופות משקיעה שם הון תועפות (יש גם איזה שומר מסך ששמו נשכח ממני כרגע שבאמצעותו אתה יכול לקחת חלק בחישובים). אני בטוח שהכרוב החביב שלנו יאיר את עינינו כשיקפוץ הנה בפעם הבאה. ------------------------- 1 - "אנחנו" רק במובן הכללי של היותנו בני אדם. אני לא ביולוג. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
השאלות מצויינות! תרגום של רצף למשמעות (הגישה הביואינפורמטית), או אם תרצה, מגנוטיפ לפנוטיפ (הגישה הגנטית) היא אחד האתגרים הגדולים ביותר של הביולוגיה המודרנית. הרבה מאד ידע נצבר על רצפים (פרוייקטי הגנום למשל) ועל פונקציות סופיות (ביוכימיה, מטפחי צמחים וכו'), אבל הקשר בינהם עודנו רופף ומהווה צוואר בקבוק לעולם המדע והתעשייה הביוטכנולוגית כאחד. הדבר נכון לגבי ניבוי הפעילות של גנים, חלבונים, וגנומים פשוטים (כשל וירוסים). חלק גדול מהידע שנאסף מפורסם במאגרי מידע אינטרנטיים, לשימושם של מדענים ברחבי העולם. בינהם גם מסדי נתונים כמו Pfam, Prosite, Blocks ו-TransFac אשר כמו בהרכבת פאזל גדול, מתעדים לאט לאט את המשמעויות של רצפים קצרים, קטעי חלבוני וגנים (Domains, motifs). על סמך מידע זה ניתן לנחש בביטחון הולך וגובר את פעילותו של חלבון או גן חדש, אם כי, זהו עודנו ניחוש ויש להתייחס אליו בהתאם. אנו מצויים כיום במציאות אשר בה אולי אין לך את היכולת להמציא גן From scratch, אך תוכל באופן לקטני להדביק ולהחסיר מקטעים חלבוניים מוכרים ליצירת גן כימראלי חדש (כימרה ע"ש המפלצת המיתולוגית שהורכבה מחיות שונות). לגבי ניבוי פעילותו של אורגניזם שלם כמו וירוס (ובואו לא נסקול אותי שאמרתי אורגניזם על נגיף..), האתגר קשה שבעתיים. קודם כל, כאן לא מספיק להבין לאשורו גן או חלבון יחיד, אלא מספר רב גנים, ובנוסף, יש להבין את התזמון והאינטראציה בינהם. זהו מימד חדש של סיבוך לבעיה הקשה מאליה. שנית, מיקרואורגניזמים, ווירוסים בפרט, מכווצים את הגנום שלהם יותר מכיווץ MP3, ועושים דברים "לא חוקיים" במיוחד בשם החיסכון בגודל הגנום שלהם. למשל, להחזיק על אותו רצף מספר גנים חופפים, במסגרות קריאה שונות, ותוך שימוש נרחב בתופעות ה-Alternative-splicing וה-ReadThrough. סליחה על כל ה"קללות" הטכניות, באופן מכליל, אלו כולן תופעות המגדילות את מספר החלבונים היוצאים מגן יחיד, בסתירה לדוגמ'ה הישנה של "One gene - One protein". החסרון (מילה מאד סובייקטיבית שאפשר להתעלם ממנה אם רוצים) לוירוס, הוא שמכיוון שכל מרכיביו קשורים זה לזה באופן כה הדוק, כל שינוי ברצפו יגרור תופעות נלוות רבות נוספות. זהו הדין עבור כל גנום, אולם מייצג במיוחד אצל וירוסים, ולכן קשה כ"כ לנחש מה יעולל להם כל שינוי, ו\או, איך בעצם הם עובדים (אבל מצליחים, לאט לאט). זה מתקשר לשאלה שלך על סבילות הוירוסים לשינויים. במחקר שיצר את וירוס הפוליו הופתעו החוקרים לגלות שהשינויים שביצעו, שהיו אמורים להיו סמנים בלבד ולא ברי השפעה, התבררו כמחלישים עבור הוירוס. מצד אחד, הוירוסים מתבסס על שינויים תכופים המשנים אותו (כך הוא מסתגל לתרופות, סביבה ומערכות חיסון), ומאידך, לרב יהיו השינויים הללו מזיקים עבורו. מספרם העצום של הוירוסים הוא המגדיל באופן סטטיסטי את הסיכוי למציאת אותו שינוי חריג אשר ישפר תחת שיקלקל. ובעניין קשור, מידי שנה מתקיימת "אולימפידה" ביואינפורמטית, בה קבוצות חוקרים ומתכנתים מכל העולם מתקבצים וניתן להם רצף חלבוני אשר מבנהו נפתר, אולם בניגוד למקובל, נשמר בסוד ולא פורסם. הם אמורים להגיע לאותו מבנה באמצעות כליהם המחשוביים. לדעתי זה מדליק, גם עצם המעשה, וגם השילוב הזה בין מדע לספורט. בינתיים, כל שנה זוכה אלגוריתם אחר, ומכך עולה שעוד לא הגענו לנחלה, וכי ממשיכים להשתפר. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אז הנה עוד שאלה מצויינת (לא כל-כך קשורה לכאן): הייתי רוצה לראות את הרצפים הגנטיים של כל המינים המוכרים לנו, ואת העץ האבולוציוני ה*אמיתי* שאפשר יהיה לחשב מהם. אני יודע שעובדים על זה; רק רציתי לומר שתזדרזו בבקשה. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אתה יכול להתחיל באתר ה-NCBI, המכונה GenBank, בו מפקיד כמעט כל הממסד המדעי את המידע הגנטי שנאסף: הזירוז שלך מיועד יותר עבור מהנדסים ופחות לביולוגים (שכבר עובדים מסביב לשעון). בשביל לרצף את *כל* האורגניזמים המוכרים לנו, נזדקק לטכנולוגיות יותר מהירות וזולות לקריאת רצפים גנטיים. פרוייקט הגנום האנושים האיץ מאד, בשנות דור, את הטכנולוגיה בכיוון זה - ככה זה כששופכים הרבה כסף ואמביציה למקום אחד. אני מאמין שזה אך עניין של זמן עד שנוכל במחיר שווה לכל נפש לרצף את הגנום של כל אדם וכל חיה (בסגנון הסרט המצויין GATTACA). |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
הנה, מזדרזים: |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
את זה אתה מכיר? http://tolweb.org/tree/phylogeny.html | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
"Please note that this tree has not been updated since 1995." (מופיע למשל ב- http://tolweb.org/tree?group=Mammalia)
|
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
באסה. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אני באמת די מופתע מזה. בוויקיפדיה יש מדי פעם ויכוחים מרים על טקסונומיה. הסתבר לי שהתחום הזה עובר מהפכות וגילגולים חדשות לבקרים. מה קורה שם בעצם? | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אני יודע על זה מעט מאד. טקסונומיה היא עניין מסובך, לפחות כל עוד לא נאספו ופוענחו חלקים גדולים מה DNA (ונדמה לי שגם בהנתן כאלה יהיה מקום לפרשנויות שונות. דוקא קראתי על זה לאחרונה אבל לא לגמרי הבנתי. רשמתי לעצמי לחזור לשם, אלא שאיבדתי את הפתק). ביולוגים, השמיעו קול. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
לא שזה שייך הנה, אבל ראו: http://www.wcs.org/353624/mangabeypressrelease | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
פרשנויות שונות בהינתן DNA נובעות מכך שהעץ מחושב לפי פונקציית מרחק בין כל זוג רצפי DNA, אבל כמובן שישנן כמה פונקציות מרחק שבאות בחשבון. הדרך הכי טובה להחליט מהי פונקציית המרחק "הנכונה" היא (הפתעה הפתעה) לפי עץ טקסנומי שידוע לך מראש. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אגב, למה מכנים את זה בכלל עץ? הרי קיימת גם אפשרות שענפים שונים יתאחדו בשלב כלשהו לזן אחד, לא? האם העץ הטקסנומי הוא באמת עץ או שהוא גרף טקסנומי מכוון ללא מעגלים? | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
ההתנהגות בשכבות הנמוכות יכולה להיות מאד מסובכת (למשל ספיגה של חלקי תא מיצורון א' לתאים של יצורון ב'), ושם התאור "עץ" הוא כנראה פשטני מדי. אבל כשמדובר ברב-תאיים, איך יכולים שני עלים להתאחד בחזרה? (כדי שזה יקרה צריכים מספר גדול של בני כלאיים ממינים ג' ו-ד' שיהפכו בתוך זמן קצר למין נבדל). | |
|
|
| חזרה לעמוד הראשי | המאמר המלא |
| מערכת האייל הקורא אינה אחראית לתוכן תגובות שנכתבו בידי קוראים | |
 RSS מאמרים |
כתבו למערכת |
אודות האתר |
טרם התעדכנת |
ארכיון |
חיפוש |
עזרה |
תנאי שימוש
|
© כל הזכויות שמורות |