בתשובה לההוא שבכלל בכלל לא פה, 16/11/04 1:30
משפכים 261567
עוזי ו. • בתשובה לההוא שבכלל בכלל לא פה יום ג', 16/11/2004, 2:09
1. חשבתי שאנחנו יודעים מספיק פיזיקה כדי לחשב את שקול הכוחות של שני אטומים (ומספיק מתמטיקה כדי לעשות את השאר באינדוקציה).

2. האם זה נכון שפונקצית הפוטנציאל הכללי היא לוקלית (כלומר, מסכמת פוטנציאלים מכל חומצות האמינו המשתתפות ברצף)?

3. האם המבנה המרחבי המדויק של חומצות האמינו ידוע? האם המודל הפיזיקלי טוב מספיק כדי לחשב את המבנה הזה?
משפכים 261568
ההוא שבכלל בכלל לא פה • בתשובה לעוזי ו. יום ג', 16/11/2004, 2:40
1. כן, גם אני חשבתי ככה (אבל הנחת האינדוקציה נעבעך היתה, נעבעך, חפוזה קמעה).

2. תורת הקוונטים היא לינארית, לא? עקרון הסופרפוזיציה מסכים עימך שהפוטנציאל הוא סכום התרומות של המרכיבים השונים. אני חושב שזה לא מאוד עוזר. כל דבר מסובך יותר מאטום המימן, אפילו מספר קטן של אטומים, כבר אי-אפשר לפתור אנליטית, וצריכים לפנות לשיטות פרטורבטיביות וכו' שגם אותן קשה מאוד מאוד ליישם בדבר סבוך כמו חלבון. בכל אופן, אני סבור שכל הפונקציות בהן משתמשים בפועל הן בעלות האופי שתיארת.

3. של כל חומצת אמינו בודדת, הכוונה? התשובה היא כן‏1, אבל זו שאלה מעניינת אם אפשר לשחזר את המבנה הזה de novo, יעני מכלום - אינני יודע, ואני מנחש שרק בערך, או בקושי, או עם הרבה עזרה הנובעת מידע מוקדם. בבעיית ה-docking שהזכרתי, למשל, אחד התפקידים של התוכנה הוא למצוא את המבנה המרחבי (הקונפיגורציה, לא המקום) של המולקולה ה*קטנה*, שהיא לעיתים קטנה מאוד - אפילו יותר מחומצת אמינו אחת. גם את זה התוכנות הקיימות לא מצליחות לעשות, בדרך כלל; נכון שחלק מהקושי נובע מנוכחותו של החלבון הגדול.

‏1 שחזור מבנה ע"י ניתוח תבניות התאבכות קרני X *מניח* את הנתון הזה כדי לנחש את מיקומה ומצבה של כל חומצה. שמעתי הטוענים שהתהליך הזה לא ממש מוצדק - במילים אחרות, אף אחד לא יודע אם החומצה באמת נראית בדיוק‏2 כך אחרי שהחלבון סיים להתקפל.

‏2 הדיוקים המוזכרים במאמרים הם של אנגסטרום אחד, לערך - בערך המרחק האופייני של קשר קוולנטי; שוב, לא ברור כמה מזה נובע מה*הנחות* של המפענחים, ולא מהנתונים (שקט, לאטור, הס. זה לא דומה אפילו).
all together now 276555
שוטה הכפר הגלובלי • בתשובה לההוא שבכלל בכלל לא פה שבת, 22/1/2005, 20:11
"רוזטה" באה לעזרה, אם רק יהיו מספיק מתנדבים: http://www.uwnews.org/article.asp?articleID=7605
משפכים 262020
ארז ליבנה • בתשובה לעוזי ו. יום ד', 17/11/2004, 15:39
3. אני רוצה לדייק יותר מההוא (שאולי לא פה, אבל מפגין ידע מרשים): לח.א. יש מבנה ידוע, אולם יש לה גם חופש תנועה במספר צירים.
לכל חומצת אמינו (ח.א.) יש מצבים מועדפים עם ההסתברות להמצאותה בהם.
למצבים הללו קוראים רוֹטָמֵרים ולפותרי מבנים תלת מימדיים של חלבונים (לתחום קוראים קריסטלוגפיה או בשם כולל יותר, ביולוגיה מבנית) יש רשימות ספריות רוטמרים אותם הם מנסים להתאים למבנה החלבון (הבנוי כאמור ממאות ולעיתים אלפי ח.א.)
חזרה לעמוד הראשי המאמר המלא
מערכת האייל הקורא אינה אחראית לתוכן תגובות שנכתבו בידי קוראים
האייל הקורא RSS מאמרים | כתבו למערכת | אודות האתר | טרם התעדכנת | ארכיון | חיפוש | עזרה | תנאי שימוש © כל הזכויות שמורות